Ort der Handlung: Burg Vyšehrad und im Dorf Staditz (Böhmen) in der Vorzeit.


Erster Akt
Libusa wartet gemeinsam mit Krasava und Radmila auf den Rat des Richters im Erbstreit zwischen den Brüdern Chrudoš und Šťáhlav, denn sie hat über die Sache zu entscheiden. Krasava macht ihr ein Geständnis: die Tochter von Lutobor sei nicht ganz unbeteiligt, sie spiele die zwei Burschen gegeneinander aus, indem sie so tue, als liebe sie Šťáhlav. Vor der Burg wird das Urteil der Fürstin schon erwartet. Libusa teilt jedem der beiden die Hälfte an der Erbschaft zu, doch Chrudoš will das Urteil anfechten, da es von einer Frau gefällt wurde. Das Volk soll für Libusa einen Gatten wählen, der an ihrer Stelle Recht spricht. Doch das Volk will niemanden für sie finden und so wählt sie Přemysl von Staditz als Mann.

Zweiter Akt
Am Grab des Vaters von Chrudoš und Sťáhlav sollen Krasava und Chrudoš von Lutobor versöhnt werden. Krasava bekennt ihr Unrecht und möchte, dass Chrudoš, sich mit seinem Bruder Šťáhlav versöhnt. Außerdem soll sich Chrudoš bei Libusa entschuldigen.

Während die Schnitter bei ihrer Arbeit singen, liegt Přemysl unter einer Linde und träumt von Libusa, die mehrmals sein Gast war. Auf einmal kommt Radovan an der Spitze einer Abordnung, um ihm zu sagen, dass er zum Fürst von Böhmen und Gatten von Libusa ernannt wurde. Nun muss er von seinem Heimatland Abschied nehmen.

Dritter Akt
Auf der Burg Vyšehrad wird die Ankunft von Přemysl gefeiert. Chrudoš bittet vor dem Ehepaar um Entschuldigung. In einem magischen Moment sieht Libusa in die Zukunft: Sie sieht sehr viele tschechische Helden: Fürst Břetislav, Ritter Jaroslav von Sternberg, König Ottokar II., Karl IV. und Georg von Podiebrad. Nach mehreren Kriegen kommen mithilfe der Hussiten Demokratie und Freiheit an die Macht. Mit einer Verherrlichung von Tschechien endet die Oper.