Ort und Zeit der Handlung: Sidon, Hauptstadt von Kreta, kurz nach Ende des trojanischen Krieges.

Erster Akt
Idomeneo war durch den Trojanischen Krieg zehn Jahre lang der Heimat fern gewesen. Jetzt erwartet man seine Rückkehr. Bereits auf der Insel Kreta angekommen sind die trojanischen Kriegsgefangenen, darunter auch Prinzessin Ilia, die Tochter des Königs Priamos. Sie lebt im Könispalast von Sidon (Kydonia).
Idomeneos Sohn Idamantes ist inzwischen zu einem jungen Mann herangereift. Der Jüngling liebt Ilia, und Ilia liebt ihn. Aber Stolz verbietet ihr, sich zu dieser Liebe zu bekennen. Am Königshof lebt auch Elektra, die Tochter Agamenons. Sie hat auf Kreta Zuflucht gesucht, seit Ägisth in Abwesenheit ihres Vaters die Herrschaft über Argos an sich gerissen hat. Elektra wurde Idamantes als Braut versprochen, aber Idamantes erwidert ihre Liebe nicht. Elektra wird eifersüchtig, als sie merkt, dass der Prinz Ilia bevorzugt.
Arbaces berichtet, dass das Schiff, mit dem Idomeneo heimkehren sollte, nach einem Sturm gekentert und untergegangen sei. Verzweifelt eilt Idamantes an den Strand und begegnet dort seinem Vater. Dieser konnte sich als einziger aus dem Schiffbruch retten, weil er Poseidon in höchster Not geschworen hatte, den ersten Menschen zu opfern, der ihm an Land begegnen würde. Idomeneo begrüsst seinen Sohn nicht und eilt zu Idamantes› Erstaunen verstört davon.

Zweiter Akt
Idamantes versichert Ilia seiner unverbrüchlichen Treue.
Idomeneo erzählt seinem Freund Arbaces von seinem verhängnisvollen Gelübde. Arbaces rät dem König, seinen Sohn durch Flucht Poseidons Rache zu entziehen. Elektra soll zu ihrem Vater Agamemnon nach Argos zurückkehren. Idamantes soll sie begleiten und ihr helfen, den verlorenen Thron zurückzuerobern.
Idomeneo willigt ein, weil er nach einer Aussprache mit Ilia ahnt, was Idamantes mit Ilia verbindet und er befürchtet, Poseidons Zorn würde auch sie treffen. Elektra indes triumphiert über die betrübte Ilia, da sie glaubt, den Geliebten auf der Heimfahrt ganz für sich gewinnen zukönnen.
Idamantes ist traurig, dass er Ilia verlassen muss, besteigt aber gehorsam das Schiff. Wütend schickt Poseidon einen Sturm, der das Schiff zerstört. Ein Ungeheuer entsteigt dem Meer. Idomeneo gesteht, dass er selbst den Zorn Poseidons entfacht hat und bietet sich dem Gott an Stelle seines Sohnes als Opfer an.

Dritter Akt
Klagend vertraut Ilia den Lüften ihre Liebe zu Idamantes an.
Idamantes will Ilia nicht verlassen und hat beschlossen, im Konflikt zwischen Liebe und Sohnespflicht den Kampf mit dem Ungeheur aufzunehmen. Idomeneo und Elektra aber drängen auf baldige Abreise. Ilia ist auch nicht bereit, sich von Idamantes zu trennen und Elektra schwört erneut Rache. Nachdem Idamantes weggeeilt ist, gesteht Idomeneo Ilia und Elektra, was er Poseidon gelobt hat.

Idamantes hat das Ungeheuer erschlagen, erfährt aber, dass er sein Leben hingeben muss, um den Gott zu versöhnen. Idamantes ist zum Tode bereit, da bietet sich Ilia an, für ihn zu sterben. Als der Priester das Schwert erhebt, verkündet ein Orakel Poseidons Willen: Idomeneo solle dem Thron entsagen, an seiner Stelle herrsche Idamantes mit Ilia. Während das Volk dem neuen Herrscher zujubelt, bricht Elektra zusammen.