Ort der Handlung: Spanisches Staatsgefängnis, einige Meilen von Sevilla entfernt, 18. Jahrhundert

Erster Akt
Florestan wird von Don Pizarro, der sich vor kompromitierenden Enthüllungen Florestans fürchtet, widerrechtlich gefangen gehalten. Florestans Frau Leonore schleust sich unter dem Namen Fidelio als Bursche verkleidet bei Kerkermeister Rocco ein. Roccos Tochter Marzelline verliebt sich in Fidelio und vernachlässigt daher ihren Bräutigam Jaquino. Fidelio nutzt Roccos Vertrauen aus, um mit ihm den Kerker zu besuchen. Dieser macht jedoch zur Bedingung, dass Fidelio nicht zu einem besonders gehüteten Gefangenen gehen darf. Leonore ahnt, dass es sich dabei um ihren Gatten handelt.
Pizarro erscheint zur Inspektion, weil er erfahren hat, dass der Minister zur Untersuchung des Kerkers erscheinen will und stellt deshalb Wachen auf. Er kann Florestan nun nicht mehr am Leben lassen, da der Minister diesen sonst entdecken würde. Deshalb befiehlt er Rocco, Florestan zu töten. Dieser lehnt ab, kommt jedoch nicht umhin, ein Grab für Florestan zu schaufeln, wobei er sich von Fidelio helfen lässt. Angstvolle Unruhe breitet sich in Leonore aus. Sie bittet Rocco darum, dass die Gefangenen ans Tageslicht gelassen werden, erkennt ihn unter diesen jedoch nicht. Pizarro ist verärgert über Roccos Eigenmächtigkeit.

Zweiter Akt
Florestan hat eine Fiebervision, in der er Leonore, einem Engel gleich, zu sehen glaubt. Leonore bittet Rocco, dem Gefangenen Wein und Brot geben zu dürfen; sie erkennt dabei ihren Gatten, dieser sie jedoch nicht. Als Pizarro erscheint, stellt Florestan ihn, den Urheber seiner Leiden,¬ zur Rede. Pizarro, einen Dolch in der Hand, geht auf Florestan zu. Da wirft sich Fidelio zwischen die beiden, zieht eine Pistole und bedroht Pizarro. Just in diesem Moment kündigt Trompetenschall die Ankunft des Ministers an. Pizarro will fliehen. Florestan und Leonore sinken sich in die Arme. Der Minister tritt auf und erkennt in Pizarros Gefangenem seinen Freund Florestan. Die Kerker werden geöffnet; alle Gefangenen sind frei.